A trajetória do SARS-CoV-2: retrospectiva epidemiológica no Brasil e análise genômica no Rio Grande do Sul

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dc.contributor.advisorThompson, Claudia Elizabeth
dc.contributor.advisor-coCantarelli, Vlademir Vicente
dc.contributor.authorCaldana, Gabriel Dickin
dc.date.accessioned2023-11-01T19:34:38Z
dc.date.available2023-11-01T19:34:38Z
dc.date.date-insert2023-11-01
dc.date.issued2022-06-30
dc.descriptionDissertação (Mestrado)-Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre.
dc.description.abstractA pandemia de COVID-19, causada pelo SARS-CoV-2, se espalhou rapidamente pelo mundo, após sua descoberta no final de 2019. Desde então, esforços internacionais de pesquisa multidisciplinar têm contribuído com o combate do avanço do vírus. Diante disso, essa dissertação apresenta dois estudos que têm como objetivo a análise de dados genômicos do Rio Grande do Sul (RS) a fim de identificar novas linhagens e mutações importantes e de dados epidemiológicos para pormenorizar o histórico da pandemia no país. No primeiro, sequenciamos 56 amostras de 13 municípios do Rio Grande do Sul coletadas durante a segunda onda pandêmica em março de 2021. O trabalho confirmou a predominância da variante Gamma no estado, sua difusão a partir de múltiplas introduções virais e o aparecimento da sublinhagem P1.2. No segundo, analisamos as sequências brasileiras disponíveis na plataforma GISAID - até 7 de dezembro de 2021, 76.413 genomas e seus metadados - juntamente com as informações demográficas e epidemiológicas extraídas da base de dados do IBGE do projeto Brasil.IO. Assim, identificamos as proporções de casos e mortes em cada região brasileira, a ascensão e declínio das principais linhagens e variantes e sua incidência sobre a população. Até o momento, a variante Gamma se trata da mais letal versão do SARS-CoV-2 na história da pandemia no país, visto que em todas as regiões foi a aparente causa do recorde no número de casos e mortes por COVID-19. Utilizando genomas completos, metadados e dados epidemiológicos e demográficos, contribuimos para o entendimento da evolução e do comportamento do SARS-CoV-2. Promissoramente, este trabalho tem o potencial de guiar o desenvolvimento de intervenções não medicamentosas e possíveis soluções para prevenção da doença e proteção da população.
dc.description.abstract-enThe COVID-19 pandemic, caused by SARS-CoV-2, spread rapidly around the world after its discovery in late 2019. International multidisciplinary research efforts have contributed to combating the spread of the virus. Therefore, this dissertation presents two studies aiming to analyze genomic data from Rio Grande do Sul (RS) in order to identify new lineages and important mutations and epidemiological data to detail the history of the pandemic in the country. In the first study, we sequenced 56 samples from 13 municipalities in Rio Grande do Sul collected during the second pandemic wave in March 2021. The work confirmed the predominance of Gamma in the state, its diffusion from multiple viral introductions and the appearance of the P1.2 sublineage. In the second one, we analyzed all the Brazilian sequences available on the GISAID platform - as of December 7th, 2021, 76,413 genomes and their metadata - together with the demographic and epidemiological information extracted from the IBGE database and the Brasil.IO project. We identified the proportions of cases and deaths in each Brazilian region, the rise and decline of the main lineages and variants and their incidence on the population. The Gamma variant seems to be the most lethal version of SARS-CoV-2 in the history of the pandemic in the country so far, since in all regions it was the apparent cause of the record number of cases and deaths by COVID-19. Using complete genomes, metadata, and epidemiological and demographic data, we aim to contribute to the understanding of the evolution and behavior of SARS-CoV-2. Promisingly, this work can help guide the development of non-pharmaceutical interventions and possible solutions to prevent the disease and protect population.
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/2455
dc.language.isopt_BR
dc.relation.requiresTEXTO - Adobe Reader
dc.rightsAttribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Brazilen
dc.rightsAcesso Aberto Imediatopt_BR
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/br/
dc.subjectSARS-CoV-2
dc.subjectCOVID-19
dc.subjectVariantes
dc.subjectLinhagens
dc.subjectGenômica
dc.subjectEpidemiologia
dc.subjectSequenciamento
dc.subjectBiologia molecular
dc.subject[en] Variantsen
dc.subject[en] Lineagesen
dc.subject[en] Genomicsen
dc.subject[en] Epidemiologyen
dc.subject[en] Sequencingen
dc.subject[en] Molecular Biologyen
dc.titleA trajetória do SARS-CoV-2: retrospectiva epidemiológica no Brasil e análise genômica no Rio Grande do Sul
dc.typeDissertação
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