Padronização de ensaio qPCR em tempo real para identificação de Streptococcus pneumoniae em derrame pleural
| dc.contributor.advisor | d'Azevedo, Pedro Alves | |
| dc.contributor.advisor-co | Dias, Cícero Armídio Gomes | |
| dc.contributor.author | Perez, Vinícius Pieta | |
| dc.date.accessioned | 2016-10-14T20:07:54Z | |
| dc.date.accessioned | 2023-10-09T16:32:17Z | |
| dc.date.available | 2016-10-14T20:07:54Z | |
| dc.date.available | 2023-10-09T16:32:17Z | |
| dc.date.date-insert | 2016-10-14 | |
| dc.date.issued | 2014 | |
| dc.description | Tese (Doutorado)-Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. | pt_BR |
| dc.description.abstract | Streptococcus pneumoniae é importante patógeno oportunista humano de pneumonias e meningites, sendo também colonizador da mucosa da nasofaringe. A colonização ocorre principalmente em crianças e se eleva novamente em idosos. A evolução do estado portador para infecção depende da associação de elementos do patógeno e hospedeiro. Vacinas direcionadas para polissacarídeos capsulares são empregadas em grupos de risco, com importante redução no impacto das doenças pneumocócica. Contudo, são relatadas elevações no número de casos complicados em crianças pós era vacinal, e estes frequentemente estão associados com identificação negativa pelos métodos tradicionais de cultura. O objetivo deste trabalho é padronizar ensaios para identificação de S. pneumoniae através de métodos independentes de cultura, e caracterização de isolados invasivos por meio de análise do gene zmpB. Líquidos pleurais negativos por cultura de 37 crianças com derrames parapneumônicos foram submetidos à pesquisa por qPCR para lytA e pesquisa de antígeno C por teste imunocromatográfico. Em 30/37 (81%) e 24/38 (63%) dos líquidos foram obtidos resultados positivos por qPCR e pesquisa de antígeno, respectivamente. A maioria das incongruências entre os testes foram resultados positivos por qPCR e teste de antígeno negativo em amostras com baixas cargas de DNA bacteriano, indicando uma relação imperfeita entre os dois métodos. A análise do gene zmpB foi conduzida por amplificação e sequenciamento parcial do gene em isolados de meningites, os quais apresentaram elevada identidade entre si (>97%) e com a cepa TIGR4. Os isolados pertenciam aos sorotipos 7F (n=2), 14 (n=2), 9V (n=1), 12F (n=1), 20 (n=1), 23F (n=1), e 34 (n=1), e um ao sorotipo 20 com baixa identidade (84%). Estes dados indicam uma baixa diversidade da sequência analisada entre pneumococos obtidos de meningites. Nossos resultados confirmam a participação do S. pneumoniae como principal causa de derrames parapneumônicos em crianças e sugere a utilização cautelosa de ferramentas independentes de cultura. Foi também caracterizada a presença de um potencial fator de virulência bacteriano em condições de infecções pneumocócicas invasivas. | pt_BR |
| dc.description.abstract-en | Streptococcus pneumoniae is a pathogen associated with pneumonia and meningitis that colonizes the mucosal surfaces of the host nasopharynx. This carrier state occurs mostly in children and increase in the elderly. During colonization, bacterial strategies and defects in host defenses can alter host-pathogen interaction. Polysaccharides based vaccines are in use, and the burden of S. pneumoniae disease decreased over last years. However, complicated pneumococcal diseases increased in children in the post vaccine era, and are frequently associated with negative culture. The aim of this study is to standardize assays for identification of S. pneumoniae and analyze of zmpB gene of invasive isolates. Culture-negative pleural fluid specimens from 37 children with parapneumonic effusion were examined for pneumococcal lytA by qPCR and soluble antigen (C-polysaccharide) by an immunochomatographic test. In 30/37 (81%) and 24/38 (63%) specimens a positive result was obtained by qPCR and antigen detection, respectively. Most mismatches were observed in specimens with low levels of pneumococcal DNA and a negative antigens test. Our results indicate an imperfect relationship between the two methods described. The zmpB analysis was performed by partial amplification and sequencing of meningitis isolates. Among the nine pneumococcal isolates, serotype distribution was as follows: 7F (n=2), 9V (n=1), 12F (n=1), 14 (n=2), 20 (n=1), 23F (n=1), and 34 (n=1). Eight isolates presented 97-100% of identity with the zmpB sequence of TIGR4; while one isolate, belonging to serotype 20, presented a lower level (84%) of identity. Our results indicate that there is a low degree of diversity in the sequence of zmpB analyzed among pneumococci obtained from meningitis. Our results confirm S. pneumoniae as a primary cause of parapneumonic effusion in children and suggests caution with the use of culture independent tools. It was also shown the presence of a potential virulence factor in isolates of invasive pneumococcal disease. | pt_BR |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/302 | |
| dc.language.iso | pt_BR | pt_BR |
| dc.relation.requires | Adobe Reader | pt_BR |
| dc.rights | Acesso Aberto Imediato | * |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ | * |
| dc.subject | Streptococcus pneumoniae | pt_BR |
| dc.subject | Pneumonia | pt_BR |
| dc.subject | Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real | pt_BR |
| dc.subject | Derrame Pleural | pt_BR |
| dc.subject | Meningite | pt_BR |
| dc.subject | Antígeno C | pt_BR |
| dc.subject | Gene ZmpB | pt_BR |
| dc.subject | [en] Real-Time Polymerase Chain Reaction | en |
| dc.subject | [en] Pleural Effusion | en |
| dc.subject | [en] Meningitis | en |
| dc.title | Padronização de ensaio qPCR em tempo real para identificação de Streptococcus pneumoniae em derrame pleural | pt_BR |
| dc.type | Tese | pt_BR |