Análise funcional e estrutural da proteína Kin3 em Saccharomyces cerevisiae
| dc.contributor.advisor | Moura, Dinara Jaqueline | |
| dc.contributor.author | Morás, Ana Moira | |
| dc.date.accessioned | 2019-11-01T18:22:39Z | |
| dc.date.accessioned | 2023-10-09T13:21:39Z | |
| dc.date.available | 2019-11-01T18:22:39Z | |
| dc.date.available | 2023-10-09T13:21:39Z | |
| dc.date.date-insert | 2019-11-01 | |
| dc.date.issued | 2017 | |
| dc.description | Dissertação (Mestrado)-Programa de Pós-Graduação em Biociências, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. | pt_BR |
| dc.description.abstract | A proteína Kin3 é a única representante da família das NIMA-related kinases em Saccharomyces cerevisiae. Tendo em vista a existência de poucos estudos sobre a possível função da proteína Kin3 na resposta a danos no DNA e a inexistência de estudos sobre sua estrutura, o objetivo deste trabalho foi elucidar o envolvimento da proteína Kin3 na reposta a danos no DNA in vitro, considerando interações genéticas e compreendendo aspectos estruturais em modelos in silico. Primeiramente foi avaliado o papel da Kin3 na resposta a metil metano sulfonato (MMS), explorando interações previamente descritas com Mre11 e Srs2. Os resultados mostraram que a estratégia de tratamento de 2 h de exposição seguindo de 1 h de recuperação foi eficiente em induzir quebras no DNA. Adicionalmente, um perfil epistático de Kin3 com Mre11 e Rad52 foi encontrado, sugerindo um possível envolvimento com a via de recombinação homóloga. Esta hipótese foi corroborada com um efeito aditivo na taxa de mutação do duplo mutante kin3∆rad52∆. Posteriormente, foi realizada a modelagem da estrutura da proteína Kin3, com e sem ATP e cofator (Mg+2) e as conformações do loop de ativação após simulação por dinâmica molecular foram exploradas. Os principais achados mostraram a disrrupção de uma pequena estrutura de α-hélice na ausência de ATP, indicando que a ligação com o nucleotídeo é importante para estabilizar esta região. Esta modificação não aproximou os resíduos de serina e treonina localizados no loop de ativação do fosfato γ do ATP, o que permitiria a reação de catálise, não modificou a posição do motivo DFG ou o nucleotídeo para a posição na forma ativa. Assim, neste trabalho foi explorada a função da proteína Kin3 na resposta a DSBs, sugerindo um envolvimento mais significativo com a via da recombinação homóloga. Adicionalmente, foi estabelecida pela primeira vez informações sobre a estrutura da Kin3. | pt_BR |
| dc.description.abstract-en | Kin3 protein is the only NIMA-related kinase in Saccharomyces cerevisiae. Owing the existence of few studies on possible Kin3 function in DNA damage response and no study about Kin3 structure, the aim of this work was to elucidate the involvement of Kin3 protein in response to DNA damage, evaluating genetic interactions and understanding structural aspects by in silico models. Firstly, it was evaluated the Kin3 role in response to MMS exploring the interaction already described with Srs2 and Mre11. The results showed that treatment strategy of 2 h of exposition followed by 1 h of recovery was efficient in inducing DNA breaks. In addition, an epistatic profile of Kin3 with Mre11 and Rad52 was observed, suggesting a possible involvement with homologous recombination pathway. This hypothesis was corroborated with an additive effect on double mutant kin3∆rad52∆ mutation rate. Posteriorly, it was realized a modeling of Kin3 structure, with and without ATP and cofactor, and explored the conformations of activation loop after a simulation by molecular dynamics. The main findings showed that a small α-helical structure was disrupted in absence of ATP, indicating that the nucleotide binding is important to stabilize this region. This modification did not approximate the serine-threonine residues in the activation loop of γ-phosphate of ATP, allowing the catalysis reaction and did not modify the position of the DFG motif or the nucleotide position for active form. Thus, this work explored the Kin3 function in DSB response, suggesting a more significate involvement with homologous recombination pathway. Additionally, established in the first-time information about Kin3 structure. | pt_BR |
| dc.description.sponsorship | CNPq; FAPERGS; CAPES; FINEP | pt_BR |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/982 | |
| dc.language.iso | pt_BR | pt_BR |
| dc.relation.requires | Adobe Reader | pt_BR |
| dc.rights | Acesso Aberto Após Período de Embargo | * |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ | * |
| dc.subject | Kin3 | pt_BR |
| dc.subject | Função | pt_BR |
| dc.subject | Resposta a Danos | pt_BR |
| dc.subject | MMS | pt_BR |
| dc.subject | Estrutura | pt_BR |
| dc.subject | ATP | pt_BR |
| dc.subject | [en] Adenosine Triphosphate | en |
| dc.title | Análise funcional e estrutural da proteína Kin3 em Saccharomyces cerevisiae | pt_BR |
| dc.type | Dissertação | pt_BR |