Detecção de SARS-CoV-2 utilizando a metodologia de LAMP em amostras nasofaringeas para alvos moleculares alternativos
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Data
2022-11-21
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Resumo
No ano de 2020 a Organização Mundial da Saúde decretou (OMS) pandemia à nível
mundial causada pelo SARS-CoV-2. Diversos métodos diagnósticos foram propostos,
principalmente imunológicos e moleculares, inclusive pelo Centers for Disease Control
and Prevention, para identificar o vírus. Este trabalho tem como objetivo validar e
padronizara uma técnica de Loop-mediated isothermal Amplification (LAMP) tendo
como alvo uma região do gene da RNA polimerase viral, tendo em vista que o LAMP
é um método mais rápido e de menor custo quando comparado aos demais métodos
moleculares. Este trabalho descreve os resultados obtidos com a metodologia de
LAMP proposta, aplicada em 115 amostras de nasofaringe (43 positivas para SARSCoV2 e 72 negativas), previamente testadas pela metodologia da reação em cadeia
da polimerase em tempo real com transcrição reversa (RT-PCR), determinando sua
sensibilidade e especificidade. A técnica de LAMP proposta mostrou sensibilidade de
90,7%, e especificidade de 100%, para um limite de detecção de 40 cópias/µl. O valor
preditivo positivo foi de 100% e o valor preditivo negativo de 94,7%, com acurácia de
96,5%. A técnica de LAMP também apresentou a possibilidade de ser aplicada sem
modificações para a detecção das novas variantes do SARS- CoV2. O método de
LAMP, usado como gene alvo a região RNA Polimerase (RP). quando comparado com
o RT-PCR, demonstrou ser uma técnica rápida e de menor custo, podendo ser uma
excelente alternativa para países em desenvolvimento e com poucos recursos. O teste
mostrou adequada sensibilidade para a identificação de amostras com cargas virais
baixas (40 cópias/µl) e altas (>4000 copias/µl), porém, em amostras com carga viral
extremamente baixas (<40 cópias/µl), e detectadas por RT-PCR, podem resultar falsonegativas. Para corroborar o uso da técnica de LAMP, foi realizada uma revisão
sistemática com meta-análise sobre o uso da metodologia de LAMP para a detecção
doSARS-CoV-2. A busca resultou em 229 artigos, dos quais 19 artigos foram
selecionados para compor a revisão final. A metodologia de LAMP mostrou uma alta
especificidade na detecção de SARS-CoV-2 e uma ampla variação de valores de
sensibilidade. O método LAMP foi considerado um método rápido e altamente
específico para detecção de SARS-CoV-2; no entanto, algumas variáveis como o pH
das amostras e concentração do RNA viral podem afetar sua sensibilidade e
desempenho geral.
Descrição
Tese (Doutorado)-Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre.
Palavras-chave
SARS-CoV2, LAMP, COVID19