Detecção de SARS-CoV-2 utilizando a metodologia de LAMP em amostras nasofaringeas para alvos moleculares alternativos

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dc.contributor.advisorCantarelli, Vlademir Vicente
dc.contributor.authorHoffmann, Elias da Rosa
dc.contributor.departmentPrograma de Pós-Graduação em Ciências da Saúde
dc.date.accessioned2024-01-15T16:34:04Z
dc.date.available2024-01-15T16:34:04Z
dc.date.date-insert2024-01-15
dc.date.issued2022-11-21
dc.descriptionTese (Doutorado)-Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre.
dc.description.abstractNo ano de 2020 a Organização Mundial da Saúde decretou (OMS) pandemia à nível mundial causada pelo SARS-CoV-2. Diversos métodos diagnósticos foram propostos, principalmente imunológicos e moleculares, inclusive pelo Centers for Disease Control and Prevention, para identificar o vírus. Este trabalho tem como objetivo validar e padronizara uma técnica de Loop-mediated isothermal Amplification (LAMP) tendo como alvo uma região do gene da RNA polimerase viral, tendo em vista que o LAMP é um método mais rápido e de menor custo quando comparado aos demais métodos moleculares. Este trabalho descreve os resultados obtidos com a metodologia de LAMP proposta, aplicada em 115 amostras de nasofaringe (43 positivas para SARSCoV2 e 72 negativas), previamente testadas pela metodologia da reação em cadeia da polimerase em tempo real com transcrição reversa (RT-PCR), determinando sua sensibilidade e especificidade. A técnica de LAMP proposta mostrou sensibilidade de 90,7%, e especificidade de 100%, para um limite de detecção de 40 cópias/µl. O valor preditivo positivo foi de 100% e o valor preditivo negativo de 94,7%, com acurácia de 96,5%. A técnica de LAMP também apresentou a possibilidade de ser aplicada sem modificações para a detecção das novas variantes do SARS- CoV2. O método de LAMP, usado como gene alvo a região RNA Polimerase (RP). quando comparado com o RT-PCR, demonstrou ser uma técnica rápida e de menor custo, podendo ser uma excelente alternativa para países em desenvolvimento e com poucos recursos. O teste mostrou adequada sensibilidade para a identificação de amostras com cargas virais baixas (40 cópias/µl) e altas (>4000 copias/µl), porém, em amostras com carga viral extremamente baixas (<40 cópias/µl), e detectadas por RT-PCR, podem resultar falsonegativas. Para corroborar o uso da técnica de LAMP, foi realizada uma revisão sistemática com meta-análise sobre o uso da metodologia de LAMP para a detecção doSARS-CoV-2. A busca resultou em 229 artigos, dos quais 19 artigos foram selecionados para compor a revisão final. A metodologia de LAMP mostrou uma alta especificidade na detecção de SARS-CoV-2 e uma ampla variação de valores de sensibilidade. O método LAMP foi considerado um método rápido e altamente específico para detecção de SARS-CoV-2; no entanto, algumas variáveis como o pH das amostras e concentração do RNA viral podem afetar sua sensibilidade e desempenho geral.
dc.description.abstract-enIn 2020, the World Health Organization (WHO) declared the state of global pandemic caused by SARS-CoV-2. To identify the virus, several immunological and molecular assays have been proposed by international agencies, including the Centers for Disease Control and Prevention. The aim of this study was to validate and standardize a Loop-mediated isothermal Amplification (LAMP) method targeting the viral RNA polymerase gene, as a faster and low-cost assay as compared to other molecular techniques. This paper describes the results obtained with the proposed LAMP methodology, applied to 115 nasopharyngeal samples (43 positive for SARS-CoV2 and 72 negative), previously tested by reverse transcription polymerase chain reaction assay (RT-PCR). The proposed LAMP technique showed a sensitivity of 90.7% and a specificity of 100%, for a detection limit of 40 copies/µl. The positive predictive value was 100% and the negative predictive value was 94.7%, with an accuracy of 96.5%. The LAMP technique also presented the possibility of being applied without modifications for the detection of new variants of SARS-CoV2. The LAMP methodology using the SARS-CoV-2 RP gene as the target was faster and less expensive than other molecular approaches such as the RT-PCR, making it an excellent alternative for developing countries and those with few resources. The test showed adequate sensitivity for identifying samples with low (40 copies/µl) and high (>4000 copies/µl) viral loads, however, in specimens with extremely low viral loads (<40 copies/µl), previously detected by RT-PCR, may result in false negatives when using the LAMP assay. To corroborate the use of the LAMP technique, a systematic review with metaanalysis was carried out on the use of the LAMP methodology for the detection of SARS-CoV-2.. The search resulted in 229 articles, of which 19 articles were selected to compose the final review. In general, the LAMP methodology showed high specificity in the detection of SARS-CoV-2 and a wide range of sensitivity values. The LAMP assay was considered a rapid and highly specific method for detecting SARS-CoV-2; however, some variables such as sample pH and viral RNA concentration can affect its sensitivity and overall performance
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/2611
dc.language.isopt_BR
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dc.rightsAcesso Aberto Imediatopt_BR
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/br/
dc.subjectSARS-CoV2
dc.subjectLAMP
dc.subjectCOVID19
dc.titleDetecção de SARS-CoV-2 utilizando a metodologia de LAMP em amostras nasofaringeas para alvos moleculares alternativos
dc.typeTese
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