Detecção de SARS-CoV-2 utilizando a metodologia de LAMP em amostras nasofaringeas para alvos moleculares alternativos

Abstract

No ano de 2020 a Organização Mundial da Saúde decretou (OMS) pandemia à nível mundial causada pelo SARS-CoV-2. Diversos métodos diagnósticos foram propostos, principalmente imunológicos e moleculares, inclusive pelo Centers for Disease Control and Prevention, para identificar o vírus. Este trabalho tem como objetivo validar e padronizara uma técnica de Loop-mediated isothermal Amplification (LAMP) tendo como alvo uma região do gene da RNA polimerase viral, tendo em vista que o LAMP é um método mais rápido e de menor custo quando comparado aos demais métodos moleculares. Este trabalho descreve os resultados obtidos com a metodologia de LAMP proposta, aplicada em 115 amostras de nasofaringe (43 positivas para SARSCoV2 e 72 negativas), previamente testadas pela metodologia da reação em cadeia da polimerase em tempo real com transcrição reversa (RT-PCR), determinando sua sensibilidade e especificidade. A técnica de LAMP proposta mostrou sensibilidade de 90,7%, e especificidade de 100%, para um limite de detecção de 40 cópias/µl. O valor preditivo positivo foi de 100% e o valor preditivo negativo de 94,7%, com acurácia de 96,5%. A técnica de LAMP também apresentou a possibilidade de ser aplicada sem modificações para a detecção das novas variantes do SARS- CoV2. O método de LAMP, usado como gene alvo a região RNA Polimerase (RP). quando comparado com o RT-PCR, demonstrou ser uma técnica rápida e de menor custo, podendo ser uma excelente alternativa para países em desenvolvimento e com poucos recursos. O teste mostrou adequada sensibilidade para a identificação de amostras com cargas virais baixas (40 cópias/µl) e altas (>4000 copias/µl), porém, em amostras com carga viral extremamente baixas (<40 cópias/µl), e detectadas por RT-PCR, podem resultar falsonegativas. Para corroborar o uso da técnica de LAMP, foi realizada uma revisão sistemática com meta-análise sobre o uso da metodologia de LAMP para a detecção doSARS-CoV-2. A busca resultou em 229 artigos, dos quais 19 artigos foram selecionados para compor a revisão final. A metodologia de LAMP mostrou uma alta especificidade na detecção de SARS-CoV-2 e uma ampla variação de valores de sensibilidade. O método LAMP foi considerado um método rápido e altamente específico para detecção de SARS-CoV-2; no entanto, algumas variáveis como o pH das amostras e concentração do RNA viral podem afetar sua sensibilidade e desempenho geral.