Validação da Técnica de Amplificação Isotérmica de DNA Mediada por Loop (LAMP) em Isolados de Candida spp. e Nakaseomyces glabrata

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dc.contributor.advisorMattevi, Vanessa Suñé
dc.contributor.advisor-coSchirmer, Helena
dc.contributor.authorHerter, Amanda
dc.date.accessioned2023-10-19T12:54:59Z
dc.date.available2023-10-19T12:54:59Z
dc.date.date-insert2023-10-19
dc.date.issued2023-08-29
dc.descriptionDissertação (Mestrado)-Programa de Pós-Graduação em Biociências, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre
dc.description.abstractA prevalência das doenças invasivas causadas por fungos oportunistas tem aumentado nos últimos anos. Os fungos do gênero Candida são os principais agentes etiológicos, estando associados a taxas de mortalidade de até 70%. O diagnóstico da candidíase invasiva permanece difícil e demorado graças à utilização de métodos que exigem o isolamento do fungo em meio de cultura, impedindo o tratamento adequado no tempo certo. A técnica de LAMP se mostra uma alternativa promissora para o diagnóstico da infecção, por ser simples, rápida e de baixo custo. Este trabalho teve como objetivo investigar a viabilidade da utilização dessa metodologia na identificação de diferentes espécies de Candida e Nakaseomyces glabrata (Candida glabrata), analisando especificidade, sensibilidade e custoefetividade. Os isolados de Candida spp. e N. glabrata foram aquecidos a 65°C por 30 minutos com Chelex-100 para o isolamento do DNA e as reações de LAMP utilizaram primers com sequências-alvo nas regiões ITS2 e SAP1. A especificidade foi determinada pela inclusão de outras espécies de Candida e outros gêneros de fungos e a sensibilidade analítica foi estimada através de uma diluição em série de DNA. Foram realizados testes quanto ao desempenho da reação direto em matriz biológica (sangue em garrafa de hemocultura e em tubo de EDTA). Ainda, foi realizada a análise de custo-efetividade do LAMP, comparando o uso de kit comercial e da técnica in house. Os resultados de especificidade e sensibilidade analítica foram 100% e 100pg/μL, respectivamente. A sensibilidade diagnóstica variou entre 75% e 100% conforme a espécie e o tempo de reação. O LAMP direto em matriz biológica atingiu resultados satisfatórios no sangue em EDTA. A análise de custo-efetividade demonstrou que o uso do kit comercial é mais vantajoso devido ao menor tempo de resultado, maior facilidade de execução e menor risco de contaminação, apesar de a técnica in house apresentar o menor custo. A técnica de LAMP apresentou resultados promissores de especificidade e sensibilidade e se mostra um método com potencial para implementação em laboratórios pequenos e com poucos recursos.
dc.description.abstract-enInvasive diseases caused by opportunistic fungi have increased in recent years. Fungi of the genus Candida are the main etiological agents, being associated with mortality rates of up to 70%. The diagnosis of invasive candidiasis remains difficult and time-consuming due to the use of methods that require the isolation of the fungus in a culture medium, preventing adequate treatment at the right time. The LAMP technique is a promising alternative for diagnosing the infection, as it is simple, fast and inexpensive. This work intended to analyze the feasibility of using this methodology to identify different species of Candida and Nakaseomyces glabrata (Candida glabrata), analyzing specificity, sensitivity and cost-effectiveness. Candida spp. samples were boiled with Chelex-100 for 30 minutes at 65°C for the DNA isolation and LAMP reactions used primers with target sequences in the ITS2 and SAP1 regions. Specificity was determined by including other Candida species and other fungal genera and analytical sensitivity was obtained by serial dilution of DNA. The performance of the direct reaction in a biological matrix (blood in a blood culture bottle and an EDTA tube) was also evaluated. Furthermore, a costeffectiveness analysis was carried out, comparing the use of a commercial kit and the in-house technique. Specificity and analytical sensitivity results were 100% and 100pg/μL, respectively. The diagnostic sensitivity varied between 75% and 100% depending on the species and reaction time. Direct LAMP in biological matrix achieved satisfactory results in blood in EDTA. The cost-effectiveness analysis showed that the use of the commercial kit is more advantageous due to the shorter result time and easier execution, despite the fact that the in-house technique has the lowest cost. The LAMP technique showed promising specificity and sensitivity results and appears to be a method with potential for implementation in small laboratories with limited resources.
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/2368
dc.language.isopt_BR
dc.relation.requiresTEXTO - Adobe Reader
dc.rightsAcesso Aberto Imediatopt_BR
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/br/
dc.subjectMicologiapt_BR
dc.subjectDiagnóstico laboratorialpt_BR
dc.subjectDiagnóstico molecularpt_BR
dc.subjectCandidíasept_BR
dc.subject[en] Mycologyen
dc.subject[en] Laboratory diagnosisen
dc.subject[en] Molecular diagnosien
dc.subject[en] Candidiasisen
dc.titleValidação da Técnica de Amplificação Isotérmica de DNA Mediada por Loop (LAMP) em Isolados de Candida spp. e Nakaseomyces glabratapt_BR
dc.typeDissertação
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