Desenvolvimento de ensaios de PCR em tempo real para identificação de quatro subespécies do complexo Streptococcus bovis/Streptococcus equinus a partir de swab retal
| dc.contributor.advisor | d'Azevedo, Pedro Alves | |
| dc.contributor.author | Lopes, Paulo Guilherme Markus | |
| dc.date.accessioned | 2016-10-14T14:31:13Z | |
| dc.date.accessioned | 2023-10-09T16:32:22Z | |
| dc.date.available | 2016-10-14T14:31:13Z | |
| dc.date.available | 2023-10-09T16:32:22Z | |
| dc.date.date-insert | 2016-10-14 | |
| dc.date.issued | 2013 | |
| dc.description | Tese (Doutorado)-Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. | pt_BR |
| dc.description.abstract | O complexo Streptococcus bovis/Streptococcus equinus (SBEC) abrange espécies patogênicas relacionadas em diferentes níveis com infecções em humanos. Este complexo de genoespécies tem sido associado a desordens hepatobiliares e mais notavelmente em adenomas de cólon e câncer colorretal (CCR). Portanto, o objetivo deste estudo foi desenvolver ensaios de PCR em tempo real (qPCR), utilizando o sistema TaqMan®-MGB e baseado nos genes recN e gyrB, para detecção de S. gallolyticus subsp. gallolyticus, S. gallolyticus subsp. pasteurianus, S. infantarius subsp. coli e S. infantarius subsp. infantarius, e quantificação de S. gallolyticus sp. a partir de amostras de swab retal de voluntários sob risco para doenças gastrintestinais. Estes ensaios foram testados em cinco isolados clínicos e 14 cepas referência de Streptococcus sp., Enterococcus sp. e Escherichia coli. Os cinco isolados clínicos e quatro cepas referência foram corretamente identificadas, nenhum falso-positivo foi observado entre as cepas de Streptococcus sp. filogeneticamente relacionadas, igualmente para as outras espécies testadas O ensaio quantitativo pode detectar valores acima de 30 cópias genômicas bacterianas. Foram incluídos no estudo 54 (H=19, média etária 64,6, entre 46-76 e M=35, média etária 57,9, entre 44-80, P=0,015) voluntários ambulatoriais e não colostomizados submetidos à colonoscopia. A prevalência geral das subespécies do SBEC esteve em 35,2%: S. gallolyticus subsp. gallolyticus (11,1%), S. gallolyticus subsp. pasteurianus (13%), S. infantarius subsp. coli (20,4%) e S. infantarius subsp. infantarius (11,1%). Nosso estudo demonstrou associações entre doença hemorroidária (P=0,047) e litíase biliar (P=0,023) com colonização por ao menos uma subespécie do SBEC. Litíase biliar também esteve relacionada com colonização por S. infantarius subsp. coli (P=0,021) e doença hepática crônica com colonização S. infantarius subsp. infantarius (P=0,002). Estes ensaios de qPCR estabelecem condições para detecção molecular das subespécies do SBEC bem como quantificar S. gallolyticus sp. a partir de amostras coletadas por swab retal e podem ser utilizados para triagem e vigilância em pacientes submetidos à colonoscopia. | pt_BR |
| dc.description.abstract-en | Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex (SBEC) comprises pathogenic species related to different degrees with human infections. This genospecies complex has been associated with hepatobiliary disorders and most notably in colonic adenomas and colorectal cancer (CRC). Therefore, our aim was to develop a useful TaqMan®-MGB real-time PCR (qPCR) assays based on recN and gyrB genes to detect S. gallolyticus subsp. gallolyticus, S. gallolyticus subsp. pasteurianus, S. infantarius subsp. coli and S. infantarius subsp. infantarius and quantify S. gallolyticus sp. from rectal swab specimens in individuals at risk for gastrointestinal disorders. These assays were tested in five clinical isolates and 14 reference strains of streptococci, enterococci and Escherichia coli. Five clinical isolates and four reference strains were correctly identified and no false-positive amplification reactions were observed in closely Streptococci species, Enterococcus sp. and Escherichia coli. The quantitative assay was able to detect > 30 copy number (CN). Rectal swab specimens from 54 outpatient and no colostomized subjects (M=19, mean age 64.6, range 46-76 and F=35, mean age 57.9, range 44-80, P=0.015) who underwent a routine colonoscopy were included in this cross-sectional study. The overall prevalence of any SBEC subspecie was 35.2%: S. gallolyticus subsp. gallolyticus and S. gallolyticus subsp. pasteurianus were detected in 11.1% and in 13% of subjects, respectively; S. infantarius subsp. coli and S. infantarius subsp. infantarius had positive results in 20.4% and 11.1% of subjects, respectively. Our study showed associations between hemorrhoidal disease (P=0.047) and biliary lithiasis (P=0.023) with SBEC subspecies colonization. Biliary lithiasis was also related with S. infantarius subsp. coli-colonized (P=0.021) and chronic liver disease with S. infantarius subsp. infantarius-colonized (P=0.002) subjects. To conclude, qPCR assays provide a reliable molecular method to detect SBEC subspecies and quantify S. gallolyticus sp. from rectal swab specimens. Together, these might be useful tool for bacteria screening and colonization-surveillance in individuals subjected to a routine colonoscopy. | pt_BR |
| dc.description.sponsorship | CNPq | pt_BR |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/271 | |
| dc.language.iso | pt_BR | pt_BR |
| dc.relation.requires | Adobe Reader | pt_BR |
| dc.rights | Acesso Aberto Imediato | * |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ | * |
| dc.subject | Streptococcus bovis | pt_BR |
| dc.subject | Streptococcus equinus | pt_BR |
| dc.subject | Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real | pt_BR |
| dc.subject | Neoplasias Colorretais | pt_BR |
| dc.subject | Gastroenteropatias | pt_BR |
| dc.subject | [en] Real-Time Polymerase Chain Reaction | en |
| dc.subject | [en] Colorectal Neoplasms | en |
| dc.subject | [en] Gastrointestinal Diseases | en |
| dc.title | Desenvolvimento de ensaios de PCR em tempo real para identificação de quatro subespécies do complexo Streptococcus bovis/Streptococcus equinus a partir de swab retal | pt_BR |
| dc.type | Tese | pt_BR |