Análise genômica de uropatógenos: características associadas à adaptação ao trato urinário de isolados de Escherichia coli, Enterococcus faecalis e Staphylococcus saprophyticus

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dc.contributor.advisord'Azevedo, Pedro Alves
dc.contributor.authorPaim, Thiago Galvão da Silva
dc.date.accessioned2019-06-21T18:30:36Z
dc.date.accessioned2023-10-09T16:32:18Z
dc.date.available2019-06-21T18:30:36Z
dc.date.available2023-10-09T16:32:18Z
dc.date.date-insert2019-06-21
dc.date.issued2017
dc.descriptionTese (Doutorado)-Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre.pt_BR
dc.description.abstractIntrodução. As infecções do trato urinário (ITU) são fontes de morbidade principalmente em mulheres e extremos de idade. Os principais micro-organismos agentes etiológicos das ITUs são Escherichia coli, Enterococcus faecalis e Staphylococcus saprophyticus. Esses uropatógenos apresentam um repertório de fatores de virulência que conferem vantagem adaptativa ao trato urinário como aderência e invasão do uroepitélio, além de evasão do sistema imune do hospedeiro. Quanto ao hospedeiro, todas as espécies apresentam como reservatório o trato gastrointestinal humano. Objetivos. O presente estudo tem por objetivo analisar as principais características associadas à adaptação ao trato urinário de isolados de E. coli, E. faecalis e S. saprophyticus comparados à representantes do trato gastrointestinal por meio de estudo de genômica comparativa. Métodos. Sequenciamento de genoma completo foi realizado em três representantes dos gêneros em estudo (E. coli E2, E. faecalis F165 e S. saprophyticus SS545). Além disso, genomas disponíveis em banco de dado do Genbank foram triados conforme sítio de isolamento e agrupados para análise comparativa. Foram realizadas análise de pan-genoma dos grupos, anotação funcional dos genes, predição de profagos e resistoma. Resultados. As espécies em estudo apresentaram um pan-genoma aberto, característico de micro-organismo adaptativos, com o repertório de genes para o grupo gastroinstestinal de E. coli superior a 90.000. Uma proporção significativa de genes associados à motilidade celular, ciclo celular e metabolismo secundários foi superior em uropatógenos de E. coli, enquanto para E. faecalis genes homólogos a transportadores transmembrana associados ao elemento traço molibdênio foram frequentemente encontrados. Em comparação com isolados do trato urinário das outras duas espécies, a espécie S. saprophyticus apresenta uma proporção superior do pan-genoma associado ao transporte e metabolismo de aminoácidos, coenzimas e íons inorgânicos. Profagos são importante fonte de variabilidade em E. coli, onde isolados urinários apresentaram uma densidade superior de genes de resistência e virulência sendo carreados por esses elementos genéticos. Conclusão. Uropatógenos apresentam características genômicas relevantes à adaptabilidade ao trato urinário, embora muitos isolados apresentem determinantes genéticos que permitem a transição entre nichos.pt_BR
dc.description.abstract-enIntroduction. The Urinary Tract Infections (UTIs) are the most common bacterial infection affecting humans, mainly women. Escherichia coli, Enterococcus faecalis and Staphylococcus saprophyticus are uropathogens often recovered from UTIs and several virulence factors are known for urinary tract adaptation, allowing adherence and invasion of the bladder mucosa, besides evasion of immune host defenses. The main reservoir of these strains is the gastrointestinal tract of the host. Objectives. The aim of the study was evaluate genomic features for niche adaptation of urinary and gastrointestinal strains of these species by comparative genomics. Methods. Draft genome sequences was obtained from three uropathogens (E. coli E2, E. faecalis F165 e S. saprophyticus SS545). In addition, genomes from Genbank database was recovered by isolation source and pan-genome analysis, functional annotation, prophages and resistome prediction was performed for comparative analysis. Results. In E. coli strains, the repertoire of genes of gastrointestinal isolates was higher than urinary, with genes number superior of 90,000. The ratio of genes associated to cell cycle-division, cell motility and secondary metabolite metabolism was superior in urinary isolates of E. coli, and E. faecalis had homologous genes of molybdenum transport system often found in urinary isolates. S. saprophyticus showing significant ratio of gene repertoire associated to amino acid, coenzyme and inorganic ion transport / metabolism compared to others uropathogens. Urinary E. coli strains had superior density of virulence factors and resistance genes carried by prophages compared to gastrointestinal strains. Conclusion. The uropathogens showed important features for urinary tract adaptation, although the gene repertoire of some isolates allows the transition between niche.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/685
dc.language.isopt_BRpt_BR
dc.relation.requiresAdobe Readerpt_BR
dc.rightsAcesso Aberto Imediato*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/*
dc.subjectUropatógenospt_BR
dc.subjectInfecçõespt_BR
dc.subjectTrato Urináriopt_BR
dc.subjectGenômica Comparativapt_BR
dc.subject[en] Infectionen
dc.subject[en] Urinary Tracten
dc.subject[en] Genomicsen
dc.titleAnálise genômica de uropatógenos: características associadas à adaptação ao trato urinário de isolados de Escherichia coli, Enterococcus faecalis e Staphylococcus saprophyticuspt_BR
dc.typeTesept_BR
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