Microbiota do trato respiratório superior de pacientes com infecção respiratória e sua associação com sars-cov-2
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Data
2023-01-24
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Resumo
O coronavírus SARS-CoV-2 emergiu no final de 2019, causando a COVID-19, uma
doença respiratória aguda declarada pandemia pela Organização Mundial de Saúde em
março de 2020. Os fatores associados à suscetibilidade e à gravidade da infecção causada
pelo SARS-CoV-2 ainda não estão bem definidos, e perfis bastante diferentes são
observados nos pacientes variando de assintomáticos a morte. A microbiota do trato
respiratório superior funciona como uma primeira barreira contra o ataque de infecções de
qualquer origem. A microbiota compreende uma comunidade de microrganismos, como
fungos, bactérias e vírus, os quais podem ser comensais ou potencialmente patogênicos.
Esses microrganismos formam interações que influenciam perfis de saúde ou doença do
hospedeiro. Desta forma, a caracterização das comunidades bacterianas no trato
respiratório superior de pacientes com diferentes níveis de gravidade de COVID-19 pode
fornecer evidências sobre potenciais associações entre a microbiota e o risco de condições
clínicas mais graves da doença. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi caracterizar a
comunidade bacteriana presente em amostras de nasofaringe de pacientes com Síndrome
Gripal (SG) ou com Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG), infectados (+) e não
infectados (-) por SARS-CoV-2. Amostras de 96 pacientes foram avaliadas utilizando
sequenciamento massivo de amplicons da região V4 do gene 16S RNA ribossomal. A
seleção das amostras foi baseada em uma amostragem estratificada aleatória, a partir de
variáveis estratificadoras estabelecidas previamente como síndromes, diagnóstico para
SARS-CoV-2, e idade. Segundo os critérios anteriores, as amostras foram divididas em 4
grupos: pacientes com sintomas de SG, positivos e negativos para SARS-CoV-2 (grupos
SG+, e SG-); e pacientes apresentando SRAG, positivos e negativos para SARS-CoV-2
(grupos SRAG+, e SRAG-), considerando dois grupos etários 20 – 40 anos e ≥ 60 anos.
Em comparações de beta diversidade, considerando primeiramente a idade dos pacientes
(20 – 40 anos e + 60 anos), foram encontradas diferenças significativas entre os grupos
SRAG+ e SRAG-. Considerando os sintomas respiratórios (SG ou SRAG) e diagnóstico
para SARS-CoV-2, também foram encontradas diferenças significativas de beta
diversidade entre o grupo SG+ e o grupo SRAG+; e entre os grupos SRAG+ e SRAG-. Em
comparações de alfa diversidade, medida pelo índice de Shannon, houve diferenças
significativas entre os grupos SG+ e SRAG+, sendo que o grupo SRAG+ apresentou
diminuição na diversidade bacteriana no nível de gênero (p < 0,05). Além disso, a
composição da microbiota da nasofaringe dos grupos de estudo foi caracterizada por uma
abundância relativa de alguns táxons, incluindo os gêneros Staphylococcus spp.,
Corynebacterium spp., Shigella spp., Acinetobacter spp., Enterococcus spp., e
Caloramator spp. Verificamos, ainda, que o grupo SG+ apresentou como táxon
diferencialmente abundante o gênero Bacillus spp., enquanto no grupo SRAG+ esse gênero
não foi encontrado. Em contrapartida, o grupo SRAG+ apresentou Streptococcus spp.,
Veillonella spp. e Staphylococcus spp. como gêneros diferencialmente abundantes quando
comparados ao grupo SRAG-, que teve o gênero Bacillus spp. como o mais abundante.
Tendo em vista os resultados, nosso estudo identificou diferenças significativas nos perfis
da microbiota de pacientes SG em comparação com SRAG, infectados com SARS-CoV-2.
Esses dados contribuem para a compreensão do papel da microbiota como indicador de
suscetibilidade à infecção por SARS-CoV-2 e gravidade da doença, além de ajudar a
estabelecer associações entre o perfil de microbiota e os tipos de desfechos clínicos da
COVID-19.
Descrição
Dissertação (Mestrado)-Programa de Pós-Graduação em Biociências, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre
Palavras-chave
Microbiota bacteriana, Nasofaringe, SARS-CoV-2, Síndrome gripal, Síndrome respiratória aguda grave, [en] Bacterial microbiota, [en] Nasopharynx, [en] SARS-CoV-2, [en] Acute respiratory infection, [en] Severe Acute Respiratory Syndrome