Diversidade genética de isolados de streptococcus pneumoniae pertencentes a sorotipos não integrantes da vacina 10-valente
| dc.contributor.advisor | Dias, Cícero Armídio Gomes | |
| dc.contributor.advisor-co | d'Azevedo, Pedro Alves | |
| dc.contributor.author | Cunha, Gabriela Rosa da | |
| dc.date.accessioned | 2016-10-14T17:49:06Z | |
| dc.date.accessioned | 2023-10-09T13:59:42Z | |
| dc.date.available | 2016-10-14T17:49:06Z | |
| dc.date.available | 2023-10-09T13:59:42Z | |
| dc.date.date-insert | 2016-10-14 | |
| dc.date.issued | 2014 | |
| dc.description | Dissertação (Mestrado)-Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. | pt_BR |
| dc.description.abstract | Streptococcus pneumoniae é um importante patógeno endêmico, associado a infecções com um elevado número de mortes e desfechos desfavoráveis, principalmente em crianças até 5 anos, idosos e pacientes em algum estado de imunocomprometimento, sendo o maior causador de pneumonias adquiridas na comunidade. A introdução das vacinas pneumocócicas, principalmente as conjugadas, apesar de diminuírem a incidência da doença pneumocócica invasiva e sua transmissão, também exerceu uma pressão seletiva sobre a distribuição dos sorotipos circulantes, levando a necessidade de um monitoramento das mudanças ocorridas tanto em termos de colonização quanto de infecções. As técnicas de biologia molecular têm sido cada vez mais utilizadas em monitoramentos epidemiológicos por permitir a caracterização de populações, comparação com amostras pré-existentes, correlação com clones endêmicos internacionais e outras populações. As técnicas de Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) e Multi Locus Sequence Typing (MLST) são as técnicas consideradas padrão-ouro, e como uma técnica alternativa a elas vem ganhando espaço o Multiple-locus Variable Number of Tandem Repeat Analysis (MLVA) na caracterização de isolados de pneumococo. Sendo assim, o objetivo geral do estudo foi avaliar os genótipos de pneumococos dos principais sorotipos que não integram a vacina 10-valente, e o objetivo específico foi avaliar a utilização de um método alternativo para genotipagem de pneumococos (MLVA), comparando-o com os métodos padrão-ouro (PFGE e MLST). Para isso, foram utilizados 87 isolados de pneumococo dos períodos pré (n=23) e pós-vacina (n=64) coletados entre 2007 e 2012, predominantemente de sítios invasivos (n=83). Quanto à distribuição dos sorotipos, 25 amostras pertencem ao sorotipo 3, 15 ao sorotipo 12F, 15 ao sorotipo 20, 13 ao sorotipo 8, 11 ao sorotipo 19A, 5 ao sorotipo 6A e 3 ao sorotipo6C. A média de idade dos pacientes foi de 49,19 ± 23,25 anos, variando de 0 a 85 anos. O MLST foi consistente com PFGE e MLVA,sendo que foram encontradas oito novos STs: três pertencentes ao sorotipo 6A, dois ao sorotipo 19A, um ao 6C, um ao 8 e um ao sorotipo 20. Isolados associados aos clones PMEN Denmark12F-24, Netherlands8-33, Netherlands3-31 e Netherlands15B-37 também foram encontrados. A técnica de MLVA gerou perfis mais discriminatórios, com índice de diversidade de Simpson de 0,986, seguido pelo PFGE (0,962) e MLST (0,891). A diversidade entre os diferentes sets de MLVA previamente estabelecidos por outros autores demonstrou pequena diferença entre eles, sendo o set de van Cuyck o mais discriminatório (0,975), seguido por Pichon (0,972), Koeck (0,967) e Elberse (0,964). O coeficiente de Wallace demonstrou congruência de 100% da técnica de MLVA em relação a técnica de MLST. A aplicação do MLVA em uma região brasileira ainda não estudada e em sorotipos não vacinais é a principal contribuição deste estudo, técnica que apresenta um elevado poder discriminatório e congruência com as outras técnicas padrão-ouro, com custos reduzidos e facilidade de execução laboratorial. | pt_BR |
| dc.description.abstract-en | Streptococcus pneumoniae is an important endemic pathogen, associated with a high number of deaths and other outcomes, especially in children aged less than 5 years, elderly and immunocompromised patients, being the major cause of community-acquired pneumonia. The introduction of pneumococcal vaccines, especially conjugates, despite decreasing the incidence of invasive pneumococcal disease in active, passive and transmission form, also exercised a selective pressure on the distribution of circulating serotypes and associated to disease, leading to the need for a monitoring of changes both in terms of colonization and infections, because some serotypes have become more associated with disease and its incidence has increased in countries where vaccine distribution occurs continuously and homogeneously. Molecular biology techniques have been increasingly used in epidemiological monitoring to allow the characterization of populations, compared with pre-existing isolates, correlation with international clones and other endemic populations. The Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) and Multi Locus Sequence Typing (MLST) techniques are considered the gold standard, and, as an alternative technique, the Multiple-Locus Variable Number of Tandem Repeat Analysis (MLVA) have been increasingly used in characterization of pneumococcal isolates. The general objective of the study was to evaluate the genotypes of pneumococcal serotypes that are not part of the 10-valent vaccine, and the specific objective was to evaluate the use of an alternative method for genotyping of pneumococci (MLVA), comparing it with gold standard methods (PFGE and MLST). For this, 87pneumococcal isolates from the pre (n = 23) and post-vaccination (n = 64) periods collected between 2007 and 2012 were used, predominantly from invasive sites (n = 83). As the distribution of serotypes, 25 samples belong to serotype 3, 15 to serotype 12F, 15 to serotype 20, 13 to serotype 8, 11 to serotype 19A, five serotype 6A and tree to serotype 6C. The mean age of patients was 49.19 ± 23.25 years, ranging from 0 to 85 years. The MLST was consistent with PFGE and MLVA, and eight new STs were found: tree belonging to serotype 6A, two to serotype 19A, one at 6C, one to 8 and one to serotype 20. Isolates associated with PMEN clones Denmark12F-24, Netherlands8-33, Netherlands3-31 and Netherlands15B-37 were also found. MLVA generated more discriminatory profiles with Simpson's diversity index of 0.986, followed by PFGE (0.962) and MLST (0.891). The diversity between the different sets of MLVA previously established by other authors showed little divergence being the van Cuyck’s set more discriminatory (0.975), followed by Pichon’s (0,972), Koeck’s (0.967) and Elberse’s (0.964). The coefficient of Wallace showed 100% of congruence of MLVA in relation to MLST. The application of MLVA in a Brazilian region was not studied so far in non-vaccine serotypes, being the main contribution of this study. This technique has a high discriminatory power and consistency with other gold standard techniques, with reduced costs and ease of laboratory performance. | pt_BR |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/277 | |
| dc.language.iso | pt_BR | pt_BR |
| dc.relation.requires | Adobe Reader | pt_BR |
| dc.rights | Acesso Aberto Imediato | * |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ | * |
| dc.subject | Streptococcus pneumoniae | pt_BR |
| dc.subject | Técnicas de Genotipagem | pt_BR |
| dc.subject | Sorotipos não Vacinais | pt_BR |
| dc.subject | Vacinas Pneumocócicas | pt_BR |
| dc.subject | Biologia Molecular | pt_BR |
| dc.subject | MLST | pt_BR |
| dc.subject | PFGE | pt_BR |
| dc.subject | [en] Genotyping Techniques | en |
| dc.subject | [en] Pneumococcal Vaccines | en |
| dc.subject | [en] Molecular Biology | en |
| dc.title | Diversidade genética de isolados de streptococcus pneumoniae pertencentes a sorotipos não integrantes da vacina 10-valente | pt_BR |
| dc.type | Dissertação | pt_BR |