Genômica evolutiva de bactérias do gênero Mycoplasma: análise teórico-computacional e desenvolvimento de pipeline

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dc.contributor.advisorThompson, Claudia Elizabeth
dc.contributor.authorVedovatto, Meiski Mariá
dc.date.accessioned2019-06-05T18:16:15Z
dc.date.accessioned2023-10-09T19:55:42Z
dc.date.available2019-06-05T18:16:15Z
dc.date.available2023-10-09T19:55:42Z
dc.date.date-insert2019-06-05
dc.date.issued2018
dc.descriptionTrabalho de Conclusão de Curso (Graduação)-Informática Biomédica, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre.pt_BR
dc.description.abstractO estudo da genômica utilizando ferramentas de filogenômica tem sido possibilitado devido à disponibilidade de um grande número de sequências depositadas nos bancos de dados, resultantes do desenvolvimento de novas tecnologias de sequenciamento. A importância desse tipo de abordagem reside no fato de permitir uma melhor compreensão dos processos evolutivos que moldam os genomas e do relacionamento evolutivo entre eles. Adicionalmente, os estudos in silico possibilitam a obtenção de respostas para diversas perguntas biológicas referentes à evolução molecular dos genomas e de seus genes e proteínas. Bactérias do gênero Mycoplasma possuem um genoma de tamanho relativamente pequeno e grande dependência dos nutrientes supridos pelo hospedeiro. Exercem os mais diversos estilos de vida, sendo que a maior parte das espécies são parasitas responsáveis por doenças em humanos, outros animais e plantas. Uma importante hipótese evolutiva sobre esse grupo indica que passou por um processo de evolução degenerativa que levou à perda da parede celular. Em 2013, foi realizado um estudo que analisou as relações evolutivas entre 31 espécies do gênero Mycoplasma. Atualmente, mais genomas estão disponíveis nos bancos de dados biológicos públicos e a análise das sequências depositadas pode levar a um melhor entendimento de aspectos evolutivos relacionados a essas bactérias. O principal objetivo deste trabalho foi o desenvolvimento de um pipeline de análise filogenômica focado na análise de genomas bacterianos e a caracterização genômica e evolutiva do gênero Mycoplasma a partir de 83 espécies utilizando ferramentas como Proteinortho, GUIDANCE, Prottest, PhyML and MrBayes. Nosso pipeline representa um importante avanço para a automatização de processos e análises relacionadas à genômica funcional evolutiva de espécies bacterianas.pt_BR
dc.description.abstract-enThe study of genomics using phylogenetic tools has increased due to the availability of several sequences in databases, resulting from the development and application of new technologies of DNA sequencing. Phylogenomic approaches allow a better comprehension of the evolutionary processes occurring in the genomes and the understanding of the evolutionary history of genomes belonging to different species. Additionally, computational studies lead to answers to different biological questions related to the molecular evolution of genomes and their genes and corresponding proteins. Bacteria of the Mycoplasma genus have small genomes and are highly dependent on the nutrients supplied by the host. They show different lifestyles, with most of them being parasites and responsible for diseases in humans, other animals and even plants. An important evolutionary hypothesis about this group is that Mycoplasmas underwent a process of degenerative evolution resulting in the loss of the cell wall. In 2013, a study identified the evolutionary relationships among 31 species of Mycoplasma. Nowadays, more genomes are available in the biological databanks and we have performed new analyses including 89 genomes from Mycoplasma to obtain a more comprehensive understanding of the evolutionary aspects related to these bacteria. The main objective of this work was the development of a pipeline of phylogenomic analysis and the genomic characterization of the Mycoplasma genus including 83 species using tools such as Proteinortho, GUIDANCE, Prottest, PhyML and MrBayes. Our pipeline represents an important step to automatize processes and analyses related to evolutionary functional genomics of bacterial species.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufcspa.edu.br/handle/123456789/676
dc.language.isopt_BRpt_BR
dc.relation.requiresAdobe Readerpt_BR
dc.rightsAcesso Aberto Após Período de Embargo*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/*
dc.subjectGenômicapt_BR
dc.subjectEvolução Molecularpt_BR
dc.subjectMycoplasmapt_BR
dc.subjectBiologia Computacionalpt_BR
dc.subjectPipelinept_BR
dc.subject[en] Genomicsen
dc.subject[en] Evolution, Molecularen
dc.subject[en] Computational Biologyen
dc.titleGenômica evolutiva de bactérias do gênero Mycoplasma: análise teórico-computacional e desenvolvimento de pipelinept_BR
dc.typeTrabalho de Conclusão de Graduaçãopt_BR
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