Navegando por Autor "Cervi, Gustavo Henrique"

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    Pipeline metagenômico mom o uso de algoritmo de compressão lossy e matching heurístico não determinístico
    (2022) Cervi, Gustavo Henrique; Thompson, Claudia Elizabeth; Flores, Cecilia Dias
    Introdução: o processamento de dados metagenômicos é um grande desafio para a genética e bioinformática. De forma geral, o grande volume de dados combinado com a natureza das mutações pode impactar fortemente no desempenho das aplicações de alinhamento de sequências de nucleotídeos. Nos últimos anos, o estudo metagenômico evoluiu para o diagnóstico de agentes etiológicos, especialmente em casos de infecções de difícil descoberta e tratamento. Sabe-se que quanto antes houver o diagnóstico do agente infectante, maiores são as chances de desfecho positivo para o paciente. O processo metagenômico faz uso intenso da computação e o avanço das técnicas computacionais trazem benefícios práticos no tratamento das infecções. Objetivo: esta tese propõe um mecanismo de redução de banco de dados, com perda (lossy), de forma que o volume de nucleotídeos seja otimizado, sem prejudicar a sensibilidade da busca pelos organismos de interesse. Esta compactação é utilizada para acelerar o processo de combinação de sequências (alinhamento) e produz resultados mais sensíveis em menor espaço de tempo. Metodologia: a técnica explora a característica natural do DNA/RNA onde um ou mais nucleotídeos modificados (mutações), removidos e adicionados (indels) não significam, obrigatoriamente, um identificador biológico/genético divergente de sua base de referência. Esta característica, aliada ao alfabeto reduzido de quatro letras (A, C, G e T), é peça-chave para a construção da técnica computacional proposta. Apesar de poucas letras, a combinação entre os quatro nucleotídeos é o código-fonte de todo ser vivo, possuindo milhões de combinações. Sequências de DNA podem conter milhares ou até milhões de nucleotídeos sendo que o DNA humano, por exemplo, possui mais de 3 bilhões de bases. A técnica proposta consiste na construção de uma espécie de onda. Os nucleotídeos de mesma base modulam a frequência e produzem sequências de mesmo período. Resultados: ao final do processo de redução da base, os experimentos mostram que há importante compactação na massa de dados (80% em alguns casos) e, por consequência, melhor performance como um todo. Esta redução significa que os processos computacionais envolvidos com os algoritmos de alinhamento utilizarão menor tempo de CPU (menos instruções) e também menos memória RAM, permitindo que mais dados possam ser computados no mesmo intervalo de tempo. Em experimentos comparativos com a ferramenta Blast, no alinhamento de um sequenciamento metagenômico (run), o resultado mostra uma performance acelerada em 10x, podendo ainda ampliar centenas de vezes se considerar outras estratégias como tabelas hash, já utilizadas por outras ferramentas de alinhamento metagenômico.
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    Simulador de ambiente hospitalar para gestão e dimensionamento de pessoas
    (2017) Cervi, Gustavo Henrique; Flores, Cecilia Dias; Caregnato, Rita Catalina Aquino
    A complexidade das instituições de saúde tem induzido e mobilizado gestores e docentes a buscarem estratégias de inovação para a melhoria no ensino e nas condições de saúde da população, garantindo um processo de cuidado seguro, qualificado e sustentável. Dentre as instituições de saúde, o hospital é considerado a mais complexa das organizações. Desde o processo de formação, muitos profissionais questionam sobre o que se aprende na instituição de ensino e sua aplicação no cenário da prática. Considerando estas afirmações, propõem-se o uso de simuladores como ferramenta de apoio na formação acadêmica. OBJETIVO: desenvolver um software educacional para simulação de uma unidade de internação de um hospital, em relação ao dimensionamento de pessoal e tomada de decisão, fornecendo a possibilidade de vivenciar situações próximas à realidade, em ambiente virtual. METODOLOGIA: trata-se de uma pesquisa aplicada, de caráter exploratório, cujos procedimentos técnicos envolveram estudo bibliográfico para fundamentar o desenvolvimento de um software educacional de simulação direcionado à Enfermagem e a validação de sua usabilidade por meio de um experimento com acadêmicos. A avaliação qualitativa do simulador envolveu a participação de discentes da disciplina de Gerenciamento em Enfermagem II de um curso de Graduação em Enfermagem. RESULTADOS: o software desenvolvido é o principal resultado deste trabalho, sendo este um ambiente computacional multiagente que simula uma unidade de internação hospitalar, onde a base de conhecimento está apoiada na Resolução COFEN 293/04 para fins de cálculo de Dimensionamento de Pessoal de Enfermagem, com base no Sistema de Classificação de Pacientes e na Nursing Interventions Classification (NIC) para definição do tempo médio gasto pelo enfermeiro na execução de intervenções em enfermagem. A avaliação preliminar de usabilidade foi positiva, sendo o software percebido pelos discentes como atrativo, motivacional, realístico, fácil de entender e focado na evolução do estudante. CONCLUSÃO: a construção do simulador traz mais uma ferramenta à disposição dos discentes e docentes, servindo como auxílio para experimentação de situações específicas, tendo sido percebido como ferramenta positiva para a aprendizagem de acadêmicos de Enfermagem.