Frequência de polimorfismos e mutações de resistência nos genes NS3, NS5A E NS5B e barreira genética aos antivirais de ação direta em sequências depositadas no banco de dados europeu de hepatite C
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2016
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Resumo
Introdução: A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) afeta mais de 180 milhões de pessoas em todo o mundo. O HCV tem ampla diversidade genética, existindo no sangue de pessoas infectadas como quasispécies. O desenvolvimento de novos antivirais de ação direta (DAA) resultou em terapias orais sem necessidade do uso de interferon, com três alvos terapêuticos principais: NS3/4A protease, NS5B polimerase e inibidores do complexo NS5A.
Objetivo: O objetivo deste trabalho foi analisar o impacto da variabilidade genética do HCV na barreira genética para o desenvolvimento de resistência aos DAA’s e a ocorrência de polimorfismos e mutações de resistência nas regiões que codificam as proteínas virais NS3, NS5A e NS5B, com base em sequências genéticas de HCV depositadas em bancos de dados.
Métodos: O estudo baseou-se na análise de sequências de HCV oriundas de pacientes não tratados depositadas no European Hepatitis C Virus database (euHCVdb). Foram analisadas todas as sequências que codificam as proteínas NS3, NS5A e NS5B do HCV, depositadas no euHCVdb. Foram excluídas sequências incompletas, sequências contendo erros e/ou gaps e sequências de amostras de pacientes tratados com DAAs, resultando, para análise final, em 798 sequências da região NS3, 708 da região NS5A e 535 da região NS5B. A barreira genética foi quantificada com base no número e no tipo de mutação necessária para gerar resistência. Resultados: Foram identificadas alterações genéticas nas sequências de HCV analisadas, as quais apresentam relação com a resistência aos antivirais. Variantes que requerem somente uma transversão nos subtipos 1a e 1b incluem NS3 F43S, R80K, R155K/G e A156T. A barreira genética à resistência mostra diferenças entre os subgenótipos na posição 155 da região que codifica NS3, onde somente uma transição é necessária no subtipo 1a. Na região da NS5A, a variante L31M requer ao menos uma transversão em todos genótipos, exceto em 0,28% das sequências. Para os inibidores da NS5B, a barreira genética nas posições que conferem resistência foi praticamente idêntica nos subtipos 1a e 1b. As posições C316Y, Y448H e S556 G/N/R e D requerem somente uma transição em todos genótipos em até 98,8% das sequências analisadas. Uma única variante na posição 448 pode conferir alguma proteção no subtipo 1a porque requer duas transversões para tornar-se a variante resistente 448H. Com relação à ocorrência de polimorfismos, a variante Q80K na região NS3 foi a mais prevalente, sendo encontrada em 44,66% do subtipo 1a e em 0,25% do 1b. Outras substituições frequentes observadas em mais do que 2% na região NS3 foram I170V (3,21%) no subtipo1a; Y56F (15,93%), V132I (23,28%) e I170V (65,20%) no 1b. Para NS5A, as seguintes alterações que conferem resistência foram encontradas: P58S em 2,21% das sequências do subtipo 1a; R30Q em 5,95% do subtipo 1b; Q30R em 15,79% das sequências do subtipo 2a; L31M em 23,08% das sequências do subtipo 2b, e M31L em 23,08% das sequências do subtipo 3a. Para NS5B, a variante de resistência V321L foi identificada em 0,60% e em 0,32% das sequências dos subtipos 1a e 1b, respectivamente.
Conclusão: Mesmo com uma baixa frequência global de mutações observadas nos dados apresentados, esta população resistente é altamente provável de ser selecionada em pacientes que sejam submetidos a tratamento com DAA’s. As variantes do HCV resistentes a uma das classes de DAA permanecem suscetíveis às outras classes, mas a terapia combinada pode falhar, devido à seleção de cepas de HCV com substituição de resistência, especialmente porque a análise de barreira genética revelou que em 14 de 16 posições a conversão para uma variante resistente requer somente a substituição de um nucleosídeo.
Descrição
Tese (Doutorado)-Programa de Pós-Graduação em Medicina: Hepatologia, Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre.
Palavras-chave
Hepacivirus, Antivirais, Hepatite Viral Humana, Farmacorresistência Viral, Quasispécies, [en] Antiviral Agents, [en] Hepatitis, Viral, Human, [en] Drug Resistance, Viral